Używanie złączenia z pogrupowanymi wierszami danych

Problem polega na tym, że gdy używasz GROUP BY , możesz tylko SELECT agregaty i kolumny, które zostały zgrupowane.

invoices.id to kolumna, którą próbowałeś wybrać, ale nie pogrupowałeś. Myślę, że prawdopodobnie chcesz dodać tę kolumnę do GROUP BY klauzula.

SELECT 
   invoices.id, 
   sum(grossTotal)-IFNULL(depositsCheck.previouslyPaid,0) as todayTotal, 
   depositsCheck.previouslyPaid, sum(grossTotal) as grossTotal  
FROM `invoices`    
    LEFT JOIN (SELECT SUM(amount) as previouslyPaid, invNo 
    FROM deposits 
    GROUP BY invNo) depositsCheck ON depositsCheck.invNo=invoices.id 
GROUP BY  invoices.paymentType, invoices.id ORDER BY id DESC

Przykładowe tabele, które podałeś, prawdopodobnie dadzą:

id    |    paymentType     |     grossTotal   |    dateTime   |   previouslyPaid
1     |         Cash       |        1000      |   UNIX TIME   |       150
2     |         Card       |        1350      |   UNIX TIME   |       350
3     |         Card       |        1250      |   UNIX TIME   |         0
4     |         Card       |        750       |   UNIX TIME   |         0

Ale generalnie będziesz mieć coś takiego:

id    |    paymentType     |     grossTotal   |    dateTime   |   previouslyPaid
1     |         Cash       |        1000      |   UNIX TIME   |       150
1     |         Card       |        1000      |   UNIX TIME   |       300
2     |         Cash       |        1350      |   UNIX TIME   |       350
2     |         Card       |        1350      |   UNIX TIME   |       350

Jak widać powyżej, dla faktury 1, 150 zostało zapłaconych gotówką, a 300 zapłacono kartą.