Jakie mam opcje, aby moje ZAMÓWIENIE BY było szybsze?

przeglądanie Twoich zmian

w takim przypadku spróbuj użyć EXISTS

SELECT  c.id
FROM clients AS c
WHERE EXISTS (SELECT * FROM  client_project AS cp  
              WHERE cp.client_id = c.id and cp.project_id = 1)
AND c.active_flag = 1