Nie sądzę, że możesz pominąć takie zachowanie. Technicznie przekazujesz ciąg, więc CI interpretuje go jako taki i po prostu otacza go cudzysłowami.
Myślę, że lepiej po prostu połączyć $empIDs ręcznie (np. za pomocą foreach pętla), uciekając przed nimi za pomocą $this->db->escape() jeśli chcesz być pewien.
