Oto parser Jak przeanalizować plik CSV przy użyciu PHP zamiast echa należy wypchnąć dane do tablicy, które po pobraniu wstawią zbiorczo do bazy danych. Dodatkowo masz możliwość iteracji przez wszystkie 1000 plików. http ://www.php-dev-zone.com/2013/05/how-to-import-csv-file-data-into-mysql.html coś takiego