Właściwie okazało się, że można to zrobić tak łatwo, ponieważ zmieniasz tylko sterownik, nic nie trzeba zmieniać.
Proste mniam wymazanie php-mysqld, a następnie mniam zainstalowanie php-mysqlnd i ponowne uruchomienie zrobi to wszystko i nie potrzebujesz żadnej kopii zapasowej ani żadnej zmiany konfiguracji.