Spróbuj wykonać NAPRAWĘ na tabeli, do której właśnie je dodałeś, aby (od)budować indeksy pełnotekstowe:
REPAIR table foo
Pamiętaj też, że pełny tekst będzie działał tylko na kolumnach varchar lub tekstowych. W ostateczności spróbowałbym ponownie uruchomić MySql.
Poniższa strona zawiera prawie wszystko:
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.1/en/fulltext-fine-tuning.html
Mam nadzieję, że to pomogło.