Masz rację, nie możesz podać swojego aliasu w klauzulach WHERE lub HAVING, ale poza tym nie jestem pewien, co masz na myśli; GROUP BY i HAVING mają być używane razem:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200