Ponieważ identyfikatory są ciągami, musisz je hermetyzować. Na szczęście laravel może to zrobić za Ciebie. Spróbuj z tym:
$ids = implode(',', $arr);
$qs = array_fill(0,count($arr),'?');
$query = User::whereIn('id', $arr)->isActive()->orderByRaw(DB::raw("FIELD(id,". implode(',', $qs).")"),$arr)->get();