Jestem trochę zawstydzony, ale na wypadek, gdyby był ktoś inny i musiał zmierzyć się z czymś takim z powodu swojej głupoty,
błąd polegał na tym, że folder był współdzielony między systemami Windows i Linux, a bundler był uruchamiany wcześniej w systemie Windows. Na ubuntu pobierano wcześniej zainstalowane biblioteki Windows, zamiast rodzimych linuksowych. Czyszczenie vendor/cache
naprawiono problem