Podczas uruchamiania z wiersza poleceń po skompilowaniu klasy użyj tego
java -classpath .;mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar Version
Przechowuj plik jar i java w tym samym katalogu i spróbuj. posługiwać się ";" zamiast ":" jak wspomniano powyżej. Dołącz nazwę pakietu, jeśli istnieje. Przetestowałem jego działanie.