Wygląda na to, że używasz niebuforowanego zapytania w MySQL .
Jeśli tak, to będziesz musiał albo włączyć buforowanie, albo przerwać wykonywanie poprzedniego zapytania, które wydaje się zawieszać?
Coś jak $query->close()
EDYCJA:
Jeśli $query jest instancją StatementInterface , to jest getResource() co zwraca mysqli_stmt i możesz zadzwonić close()
na nim.
EDIT2:(aby uwzględnić ostateczną rozdzielczość)
Jeśli używa PDO, możesz pobrać PDOStatement i wywołaj closeCursor()