Masz rację, nie powinieneś przechowywać kontaktów w ciągu. Zamiast tego użyj innej tabeli, która zawiera informacje o użytkowniku. Nowa tabela powinna wyglądać mniej więcej tak:
Table: user_contacts
| user_id | contact_id | confirm |
-------------------------------------------
| your data here... |
Następnie, gdy potrzebujesz swojej listy kontaktów, możesz po prostu wykonać inne zapytanie:
SELECT * FROM `user_contacts`
JOIN `users` ON `users`.`id` = `user_contatcs`.`user_id`
WHERE `users`.`id` = $id
ORDER BY `users`.`name`;
Lub jakkolwiek musisz to zamówić.