JDBI nie nadaje się zbyt dobrze do konstruowania zapytań dynamicznych. IMO całym celem tej biblioteki jest oddzielenie kodu i zapytań SQL tak bardzo, jak to możliwe.
Jednak Twój konkretny przypadek może zostać rozwiązany za pomocą SQL:
COALESCE(:foo, foo)
jeśli 'foo' jest nazwą kolumny w tabeli, a :foo zmieni się na NULL, to mysql SET będzie efektywnie
SET foo=foo
czyli nic nie zrobi (co jest pożądane w twoim przypadku). Jeśli :foo nie jest null, będzie równoważne z
SET foo=:foo
