MySQL łączy tylko wybrane wiersze

Możesz zrobić

SELECT SUM(netto)
FROM   invoices
       LEFT JOIN invoices_elements
         ON invoices_elements_code_invoices_id = invoices_id
            AND invoices_elements_enable = 1
WHERE  invoices_enable = 1
GROUP  BY invoices_elements_code_invoices_id  

Zwróć uwagę na ograniczenie invoices_elements_enable = 1 jest w ON klauzula, aby uniknąć konwersji zapytania na inner join .