Wygląda na to, że prawdopodobnie chcesz, aby jedna z baz danych działała jako podrzędna względem drugiej, w ten sposób wszelkie aktualizacje w masterze będą automatycznie propagowane do slave. dokumentacja MySQL zawiera sporo szczegółów na ten temat.
Jeśli chciałbyś mieć możliwość dokonywania aktualizacji jednej z baz danych i replikowania ich do drugiej, myślę, że możliwe jest również skonfigurowanie MySQL do korzystania z replikacji z wieloma wzorcami.