Jeśli możesz zmienić bazę danych, dodaj do kolumny atrybut dopuszczający wartość null i zastąp wartości 0000-00-00 wartościami null.
W przeciwnym razie musisz zaimplementować niestandardowy typ:http://docs.doctrine-project.org/projects/doctrine-orm/en/latest/cookbook/advanced-field-value-conversion-using-custom -mapping-types.html