Skończyło się na tym, że użyłem fputcsv, aby umieścić dane, które zmieniłem, w nowym pliku CSV, a następnie użyłem polecenia LOAD DATA INFILE, aby umieścić dane z nowego pliku csv w tabeli. Zmieniło to czas oczekiwania z 120 sekund na 1000 wpisów na wykonanie 10 000 wpisów przez około 10 sekund. Dziękuję wszystkim, którzy odpowiedzieli.
