Znalazłem rozwiązanie.
Za pomocą UPDATE
zapytanie możemy pobrać oryginalną wartość z bazy danych, rzutować ją ponownie na int, hex i unhex (czy można to jeszcze bardziej skrócić?) i otrzymamy właściwą wartość binarną w bazie danych.
UPDATE table SET ip = UNHEX(HEX(CAST(ip AS UNSIGNED)))