W przypadku, gdy ktoś inny natknie się na ten sam problem i aby zaoszczędzić im 2 godzin na przeszukiwaniu źródła PHP, połączenia PDO MySQL IPv6 działają, jeśli umieścisz adres w nawiasach kwadratowych.
Zobacz:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
np.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);