Jaki jest więc najlepszy sposób sprawdzenia, czy wiersz istnieje? EXISTS, COUNT czy num_rows?

Opcja 3 to najszybszy sposób sprawdzenia, czy wiersz istnieje, jeśli używasz MySQL:

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else