Musisz pokazać MAKSYMALNĄ LICZBĘ wszystkich klientów, porównując dwie tabele

Tak jak wybierasz COUNT(Customer_Nbr) w 1. podzapytaniu, wybierz je również w 2. podzapytaniu:

SELECT Entity_Name, 
       COUNT(Customer_Nbr) AS `Total Customer`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Online Payment' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Online Payment`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Cash' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Cash Payment`,
       SUM(Amount) AS `Total Payment`
FROM mq_paymentlist
GROUP BY Entity_Name

a w głównym zapytaniu użyj GREATEST() aby wybrać maksymalną wartość:

SELECT b.Entity_Name, 
       GREATEST(b.`Total Customer`, p.`Total Customer`) AS `Total Customer`
.........................