Nie możesz wykonać polecenia MySQL lub PHP wewnątrz javascript, możesz zamiast tego zrobić funkcję PHP, którą możesz wywołać przez Ajax. Najlepszym sposobem jest użycie jQuery lub przez przekierowanie strona z funkcją PHP w adresie URL.
<script type="text/javascript">
if (confirm("This seems to be Duplicate. Do you want to continue ?"))
{
$.ajax({
url: 'your_path_to_php_function.php',
type: 'POST', // Or any HTTP method you like
data: {data: 'any_external_data'}
})
.done(function( data ) {
// do_something()
});
}
else
{
window.location = 'your_url?yourspecialtag=true'
}
</script>