Używanie samego PHP byłoby raczej kłopotliwe, musiałbyś pobrać wszystkie rekordy z tabeli mysql, utworzyć odpowiednie tabele w sqlite3 i wstawić rekordy.
O ile mogę powiedzieć, że chcesz to zrobić automatycznie, więc nie widziałbym szkody w używaniu programów powłoki. Możesz to zrobić całkiem łatwo za pomocą exec funkcja:http://nl3.php.net/manual/en/function .exec.php
