Rozwiązanie:
Dla tych, którzy napotkali ten sam problem - oto, co znalazłem. Uruchomiłem show variables like 'datadir' i dowiedziałem się, że moje pliki danych są przechowywane w innym folderze:C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data\
i początkowo zastępowałem pliki w folderze C:\Program Files.... Były tam również potrzebne pliki.
Więc w końcu wszystko poszło dobrze.
