Miałem ten sam problem, chociaż nie zauważyłem żadnych błędów ani problemów, dostałem te ostrzeżenia. Wydawały się nieszkodliwe.
Używam MariaDB Ver 15.1 Distrib 10.3.22-MariaDB, dla Debiana i twoje polecenie doskonale rozwiązało problem:
mysql_upgrade -u root -h localhost -p --verbose --force