W PHP istnieje funkcja o nazwie nl2br
echo nl2br("hello\nWorld");
a wynik to
hello<br/>World
W sql jest funkcja o nazwie REPLACE
UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')
I wreszcie w javaScript masz replace
też
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");
Powodzenia