Gdyby to była jednorazowa operacja, zrobiłbym:
use DB;
show table status name where engine='innodb';
i wykonaj prostokątne kopiowanie/wklejanie z kolumny Nazwa:
+-----------+--------+---------+------------+-
| Name | Engine | Version | Row_format |
+-----------+--------+---------+------------+-
| countries | InnoDB | 10 | Compact |
| foo3 | InnoDB | 10 | Compact |
| foo5 | InnoDB | 10 | Compact |
| lol | InnoDB | 10 | Compact |
| people | InnoDB | 10 | Compact |
+-----------+--------+---------+------------+-
do edytora tekstu i przekonwertuj go na polecenie
mysqldump -u USER DB countries foo3 foo5 lol people > DUMP.sql
a następnie zaimportuj po zastąpieniu wszystkich wystąpień ENGINE=InnoDB
z ENGINE=MyISAM
w DUMP.sql
Jeśli chcesz uniknąć prostokątnej magii kopiowania/wklejania, możesz zrobić coś takiego:
use information_schema;
select group_concat(table_name separator ' ') from tables
where table_schema='DB' and engine='innodb';
co zwróci countries foo3 foo5 lol people