przypadek, gdy w zapytaniu aktualizacyjnym MySQL PDO

nie próbuj przypisywać wartości do swojej kolumny wewnątrz instrukcji CASE WHEN, ponieważ już to robisz.
Przypadek CASE WHEN zwróci wartość, która spełnia warunek.
Wypróbuj ten kod

UPDATE payments SET 
 total = :total,
 paid = (CASE WHEN paid > :new THEN :new ELSE paid END),
 due = (CASE WHEN paid < :new THEN (:new - paid) ELSE due END)
 WHERE id = :id 

Usunąłem przypisania do płatnych i należnych kolumn w opisie sprawy.