Z tym zapytaniem powinno działać.
DELETE t1, t2, t3 FROM table1 t1
INNER JOIN table2 t2 ON t1.id = t2.id
INNER JOIN table3 t3 ON t2.id = t3.id
WHERE t1.id = 10
Przetestowałem go lokalnie z tym schematem:http://sqlfiddle.com/#!9/e5be4 /9
Szczegóły znajdziesz w socd:https://dev.mysql .com/doc/refman/5.0/en/delete.html