Spróbuj tego...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
Zakładając, że masz przynajmniej UNIKALNY klucz (rule_set_id, entity_id). Jeśli chcesz to zrobić za pomocą instrukcji warunkowych i wielokrotnych, musisz umieścić to w PROCEDURZE lub FUNKCJI.