Jeśli Twój plik jest w rzeczywistości plikiem csv z polami oddzielonymi przecinkami, musisz określić separator pól.
LOAD DATA INFILE '$file' INTO TABLE $tbl_name FIELDS TERMINATED BY ','
Jeśli nie podasz separatora pól, mysql traktuje separator pól jako tabulator (\t).
W przypadku, gdy plik jest tworzony z karetką powrotną, robią to głównie aplikacje Windows, należy również dodać na końcu instrukcji:
LINES TERMINATED BY '\r\n'