Miałem ten sam problem. Dostawca, którego byłem zmuszony użyć, miał tylko MyISAM i opracowałem go w InnoDB. Migracja jest możliwa, ponieważ wygląda na to, że MyISAM ignoruje wszystkie polecenia FK, których używasz podczas tworzenia schematu.
Użyłem prostego eksportu z Mysql Workbench i zaimportowałem schemat i zawartość na zdalnym hoście.
Myślę, że ograniczenia bazy danych zostałyby zachowane, ponieważ opracowałem i przetestowałem przy użyciu InnoDB ze sprawdzaniem FK. Jeśli twój kod jest solidny, ryzyko utraty integralności bazy danych powinno być minimalne. Ale mogą oczywiście wystąpić przypadki nieprzewidzianych problemów z kluczami, jeśli nie zarządzasz niektórymi ograniczeniami w swoim kodzie.
Przegląd InnoDB i MyISAM silniki pamięci masowej mogą dać ci odpowiedź, jeśli polegałeś na czymkolwiek innym, co odróżnia te dwie rzeczy.