mysqlimport cmdline-tool obsługuje importowanie plików csv, a IIRC obsługuje mapowanie różnych kolumn w csv na różne kolumny w Twojej tabeli.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Zdaję sobie sprawę, że jest to tylko otoczka wiersza poleceń do instrukcji LOAD DATA INFILE sql, której można użyć zamiast tego.
Jeśli chcesz zreorganizować dane, możesz po prostu zaimportować plik csv do odpowiedniej tabeli, a następnie wstawić ... wybierz z