Robię to całkiem nieźle (zwykle generując instrukcje wstawiania/aktualizacji).
Wystarczy użyć funkcji Replace, aby włączyć wszystkie ' w '' . tj. Zmień go na:
str_comment:='COMMENT ON COLUMN '||rec.table_name||'.'||rec.column_name
||' IS '''||REPLACE( rec.description,'''','''''')||'''; ' ;