Jak skompilować dodatkowe pliki źródłowe w cmake po procesie budowania?

Nie znam Pro*C, ale wygląda na to, że mieszasz dwie różne wersje add_custom_command .

Pierwsza wersja add_custom_command(OUTPUT ...) służy do generowania pliku, który jest następnie dodawany jako zależność innego celu CMake. Po zbudowaniu tego celu najpierw wykonywane jest niestandardowe polecenie w celu wygenerowania pliku wyjściowego.

Druga wersja add_custom_command(TARGET ...) służy do definiowania polecenia pre-build, pre-link lub post-build; taki, który niekoniecznie tworzy plik, ale jest wykonywany w połączeniu z budowaniem powiązanego celu.

Jeśli masz tylko jeden cel, który zależy od wyników Pro*C, to pierwsza wersja jest prawdopodobnie najlepszym wyborem:

add_custom_command(OUTPUT ${PROJECT_SOURCE_DIR}/connection.c
    COMMAND ${PROC} iname=${PROJECT_SOURCE_DIR}/connection.proc SQLCHECK=SYNTAX
        MODE=ANSI IRECLEN=255 ORECLEN=255
        ONAME=${PROJECT_SOURCE_DIR}/connection.c)
add_executable(myproj ${PROJECT_SOURCE_DIR}/connection.c <other sources>)