Musisz napisać pętlę, która wykonuje kod SQL porcjami po 1000 wpisów każda.
Alternatywnie możesz wstawić wartości do tabeli, a następnie dokonać podwyboru za pomocą IN
klauzuli, ponieważ przy podselekcji nie obowiązuje ograniczenie do 1000 wpisów. Ten limit obowiązuje tylko wtedy, gdy używasz kodu SQL z zakodowanym na stałe ciągiem wartości.
Coś takiego:
select *
from mytable t
where t.column1 = value
and t.column2 in
(
select my_values
from my_temp_table
)