Jak mapować do i z typu złożonego w kodzie EF4.3?

Więc zamiast GetSequence użyj właściwości:

public class InvoiceNumberSequence { 
    public string Prefix { get; set; }
    public int Number { get; set; }

    public string Sequence {
        get { retrun Prefix + Number; }
        set { // Add your parsing logic }
    }
}

A w mapowaniu dodaj:

modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Property(p => p.Sequence)
            .HasColumnName("INVOICE_SEQ");
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Prefix);
modelBuilder.ComplexType<InvoiceNumberSequence>()
            .Ignore(p => p.Number);