Znalazłem działające rozwiązanie problemu (przynajmniej działało dla mnie z JDev 12.1.2.0, ale uważam, że powinno działać również na 11.x):
Dodaj następujący wiersz w jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) i uruchom ponownie JDevelopera:
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8