jak zaktualizować dane za pomocą zapytania hibernacji posiadającego właściwość parent w klauzuli where

Sprawdź, czy masz gettery i setery.
Użyj również adnotacji @Column jeśli nazwa jest w bazie danych:

@Entity
    public class Student{
    @Id
    Long id;
    @Column(name="studentName")
    String name;
    }

Jeśli masz jakieś "flagi identyfikacyjne", które nie są zmapowane do tabeli bazy danych, użyj @Transient co oznacza:http://docs.oracle.com/ javaee/5/api/javax/persistence/Transient.html