Okazuje się, że problem nie dotyczył w ogóle WebSphere czy Oracle, ale naszej konfiguracji. Do transakcji używamy Spring AOP. Mamy również kilka projektów internetowych, które łączymy przed wdrożeniem na WebSphere. Podczas scalania otrzymaliśmy kilka (dokładnie 9) plików applicationContext.xml, które konfigurują AOP. Tak więc dla każdego wywołania metody zawartej w transakcji mieliśmy utworzonych 9 transakcji.
W końcu osiągnęliśmy limit Oracle dotyczący liczby transakcji globalnych, które mogą uczestniczyć w pojedynczej transakcji i otrzymaliśmy ten błąd.
Słowo do mądrych ... bądź ostrożny z transakcjami zarządzanymi przez AOP :)