Dodawanie warunków w instrukcji MERGE w Oracle SQL dla INSERT/UPDATE

Możesz po prostu dodać WHERE klauzula UPDATE . Więcej na ten temat w dokumentacji Oracle.

Więc w twoim przypadku powinno to wyglądać tak:

...
WHEN MATCHED
THEN
   UPDATE
   SET   tgt.column3= src.column3,
         tgt.column4 = src.coulmn4
   WHERE tgt.column3 IN (val1, val2) 
WHEN NOT MATCHED
...