Cóż, w końcu to rozgryzłem - chociaż jest to metoda brutalnej siły. Wewnątrz narzędzi administracyjnych musiałem uruchomić katalog.sql i catproc.sql - które odtworzyły obiekty sys.
To, a następnie utlrp.sql rozwiązało wszystkie moje problemy, a teraz wszystkie obiekty zostały pomyślnie skompilowane.