Z dobrego podręcznika:
Istnieją dwa sposoby modyfikowania tabeli przy użyciu informacji zawartych w innych tabelach w bazie danych:za pomocą podselekcji lub określenie dodatkowych tabel w FROM
klauzula.
Potrzebujesz więc tylko klauzuli FROM:
WITH stops AS (
-- ...
)
UPDATE consistent.master
SET arrest_id = stops.stop
FROM stops -- <----------------------------- You missed this
WHERE citing_jurisdiction=1
AND stops.citation_id = consistent.master.citation_id;
Komunikat o błędzie mówi nawet tyle:
BŁĄD:brak wpisu klauzuli FROM dla tabeli „zatrzymuje się”