Po prostu dodaj server_default lub default argument do pól kolumn:
created_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now())
updated_on = db.Column(db.DateTime, server_default=db.func.now(), server_onupdate=db.func.now())
Wolę {created,updated}_on nazwy kolumn.;)
Dokumentacja SQLAlchemy dotycząca domyślnych ustawień wstawiania/aktualizacji kolumn .
[Edytuj]: Zaktualizowano kod, aby używał server_default argumenty w kodzie.
[Edytuj 2]: Zastąpiono onupdate z server_onupdate argumenty.