flask-migrate utworzy tabelę o nazwie "alembic_version" w Twojej bazie danych.
więc powinieneś usunąć tę tabelę i usunąć folder migracji w swoim projekcie.
a następnie użyć $ python app.py db init
znowu...
Myślę, że $ python app.py db migrate
będzie działać dobrze.