Indeks na stole o wielkości, o której wspomniałeś, powinien generalnie dać się usunąć dość szybko (a na pewno szybciej niż 3 minuty). Wydaje mi się, że tabela/indeks była w użyciu i dlatego nie można jej było usunąć.
Możesz to potwierdzić, wysyłając zapytanie do pg_stat_activity tabeli i szukanie aktywności związanej z tabelą, na której utworzyłeś indeks.
