Jak mogę przyspieszyć różnicę między tabelami?

W powyższych stwierdzeniach nie używasz indeksów.

Możesz zrobić coś takiego:

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID

Możesz następnie użyć tej samej instrukcji, aby pokazać, w których tabelach brakuje wartości

SELECT * FROM tableA a
  FULL OUTER JOIN tableB b ON a.someID = b.someID
  WHERE ISNULL(a.someID) OR ISNULL(b.someID)

To powinno dać ci brakujące wiersze w tabeli A LUB w tabeli B