Rozgryzłem problem. Możesz używać skryptów db init, migrować, aktualizować tylko po wykonaniu db.create_all().
Szczegóły można znaleźć tutaj:
http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/quickstart/
Jeśli pojawi się następujący błąd:
No application found. Either work inside a view function or push an application context.
Przeczytaj następujący artykuł:http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/contexts /
