W końcu znalazłem odpowiedź z pomocą kolegi. Wygląda na to, że liquibase nie zna takich typów, więc musimy ręcznie zmodyfikować zapytanie sql:
<createTable tableName="t_name">
...
<column name="doubleArray" type="DOUBLE_ARRAY"/>
...
</createTable>
<modifySql dbms="postgresql">
<replace replace="DOUBLE_ARRAY" with="double precision[][]"/>
</modifySql>
