Udało mi się rozwiązać mój problem, odinstalowując, a następnie ponownie instalując wszystkie biblioteki (jako pakiety ubuntu), interpreter Pythona, cały kod, ponownie generując bazę danych (w tym ponowną instalację postgis), a następnie całkowicie zrestartuj nginx (i w ten sposób gunicorn). Żadne biblioteki nie zostały jednak zaktualizowane, więc nadal nie rozumiem, co się naprawdę stało.
